Муниципальное общеобразовательное учреждение - Лицей НГТУ был открыт в августе 1996 года. До создания лицея на базе подготовительного отделения НГТУ, начиная с 1991 года, получали среднее (полное) общее образование выпускники десятых классов школ города (а с 1994 года - выпускники девятых классов) по учебному плану и программам, согласованным с Управлением образования мэрии города Новосибирска. Накопленный опыт подготовки позволил обосновать необходимость создания лицея НГТУ.